Mac vybavené rozhraním Thunderbolt lze spustit z externích jednotek Thunderbolt. To znamená, že byste mohli spustit úplnou instalaci Mac OS X, Windows nebo Linux z externího disku připojeného k Macu s připojením Thunderbolt a díky rychlosti Thunderbolts by to bylo extrémně rychlé. Jak rychle? Teoreticky by měl být Mac OS X běžící na externím Thunderbolt disku stejně rychlý jako bootování z interního disku, ale použití externího SSD by bylo ve skutečnosti rychlejší než interní rotující pevný disk.

To také otevírá dveře dalším možnostem duálního spouštění OS X, spouštění více operačních systémů a obecné ultrarychlé expanzi na hardwaru, který je jinak omezen možnostmi interního rozšíření. V současné době je Thunderbolt k dispozici na MacBooku Pro a iMacu, ale očekává se, že získá další trakci díky zahrnutí nadcházejících aktualizací hardwaru MacBook Air, Mac Mini a Mac Pro.

Bootovatelnost byla potvrzena společností Anandtech, která ověřila, že externí jednotky Thunderbolt lze zavést při zkoumání masivního nastavení RAID Pegasus 12TB, které je uvedeno výše, připojené k MacBooku Pro.

To bylo zjištěno prostřednictvím MacRumors, zmiňují také, že Thunderbolt podporuje Target Disk Mode, možnost, která byla jinak omezena na Macy vybavené Firewire.

Aktualizace: Tato nedávná srovnávací tabulka z MacWorld ukazuje rychlost Thunderbolt vs FireWire a USB 2.0, která ukazuje externí Thunderbolt disky neuvěřitelné rychlosti:

Tyto rychlosti čtení a zápisu jsou stejně vysoké, ne-li rychlejší než mnoho interních SSD!